可能です。

管理パネル「ドメイン管理 > ドメイン追加設定」にてご利用予定のドメインを追加してください。
その後、追加したドメインに対してWordPressをインストールしていただくことで、ドメインごとに異なる WordPressの運用が可能です。

詳しくは、「ドメイン追加設定」をご参照ください。